Pracę nad „Sądem Ostatecznym” Memling rozpoczął w drugim roku pobytu w Brugii. Dzieło powstawało w latach 1467-1471, zostało zamówione przez jednego z najznakomitszych rezydentów włoskich w mieście - bankiera Angela di Jacopo Taniego. Tryptyk przeznaczony był do prywatnej kaplicy św. Michała znajdującej się w kościele pw. św. Bartłomieja w miejscowości Fiesole koło Florencji. Ukończone dzieło, załadowane wraz innymi kosztownościami na galeon „San Matteo”, nigdy nie dotarło do miejsca przeznaczenia. Jego droga z niderlandzkiego portu Sluis została brutalnie przerwana w kwietniu 1473 r. u wybrzeży Anglii atakiem karaweli „Peter von Danzig”, dowodzonej przez gdańskiego kapra Paula Beneke. Bitwa była wynikiem konfliktu pomiędzy Anglią a związkiem hanzeatyckich miast (do której należał Gdańsk). Zrabowany ładunek, wraz z tryptykiem „Sąd Ostateczny” wszedł w posiadanie kapra, trzech gdańskich patrycjuszy i załogi karaweli. Obraz został przekazany patrycjuszom, którzy podarowali dzieło gdańskiemu kościołowi Wniebowzięcia Najświętszej Marii Panny (obecnie - Bazylika Mariacka Wniebowzięcia Najświętszej Marii Panny).
Przez 330 lat tryptyk podziwiano na jednym z filarów przy kaplicy św. Jerzego. W wyniku wojen napoleońskich obraz trafił do paryskiego Luwru, gdzie był błędnie uznawany za dzieło Jana van Eycka. Po ośmiu latach tryptyk opuścił Paryż i został wywieziony do Berlina. Do Gdańska powrócił dopiero w roku 1817, dzięki staraniom dyplomatycznym gdańskiej Rady Miejskiej. Wówczas ponownie został umieszczony w kościele Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny, lecz już w innej kaplicy - św. Doroty, a po 1934 roku w kaplicy św. Reinholda. Tryptyk pozostawał w niej przez całą wojnę, dopiero zbliżający się front wschodni wymusił ukrycie dzieła. Ołtarz został ulokowany w małym kościółku w Turyngii, skąd zrabowała go Armia Czerwona i jako łup wojenny wywiozła do leningradzkiego Ermitażu. „Sąd Ostateczny” wrócił do Polski w 1956 roku. Trafił do Muzeum Narodowego w Warszawie, później został przekazany do Muzeum Pomorskiego (od 1972 roku Muzeum Narodowe) w Gdańsku, kończąc wieloletnią podróż.
